Co Vás můžeme naučit

Základní i pokročilé techniky molekulární biologie:

• Práce s DNA/RNA: izolace DNA, RNA, klonování, mutageneze, metody PCR a qPCR, příprava provirových vektorů, kvantifikace virových zásobních roztoků, CRISPR.
• Práce s proteiny: exprese rekombinantních proteinů v bakteriálních či tkáňových buňkách a jejich identifikace, izolace a purifikace (FPLC), metody pro zjišťování interakcí protein-protein, protein-DNA a protein-RNA.
• Imunochemická metoda ELISA: stanovení produkce virů v tkáňových buňkách, infektivita virů, základní techniky práce s tkáňovými kulturami.
• Bezbuněčná syntéza proteinů (Cell-free protein synthesis; CFPS), metoda rozšíření genetického kódu s využitím nekanonických aminokyselin

V oblasti flavivirů se zaměřujeme na výzkum viru klíšťové encefalitidy. Studujeme, jak flavivirové proteiny dokáží ve směsi buněčných nukleových kyselin rozpoznávat a vázat zrovna tu svou genomovou RNA. Zkoumáme strukturní vlastnosti těchto interakcí pomocí pokročilých biochemických a biofyzikálních metod včetně NMR spektroskopie. V budoucnu bychom chtěli tyto znalosti využít pro vývoj in vitro metody pro testování inhibitorů skládání flavivirových částic. 

Produkce modifikovaných bioléčiv

Vyvíjíme a optimalizujeme produkci malých terapeutických peptidů obsahujících nekanonické aminokyseliny (ncAA) s využitím bakteriálních bezbuněčných systémů (Cell-Free Protein Synthesis – CFPS). Pro cílené vkládání nekanonických aminokyselin do proteinu využíváme metodu rozšíření genetického kódu.
Cílem je vytvořit in vitro platformu pro efektivní design a produkci moderních peptidových léčiv nové generace.

Retroviry

Zaměřujeme se na molekulární mechanismy replikace retrovirů a vývoji nových inhibitorů. Studujeme především interakce virové RNA s buněčnými proteiny, které jsou klíčové pro transport RNA, její export z jádra a následné zabalení do nově vznikajících virových částic. Také se zabýváme detailní charakterizací retrovirových enzymů, zejména reverzní transkriptázy, a testování nových inhibitorů zaměřených proti kapsidě viru HIV. Kombinujeme metody molekulární biologie, biochemie, bioinformatiky a pokročilého zobrazování.