Vědecko-výzkumné aktivity ústavu jsou soustředěny na studium biotechnologických procesů v celé jejich šíři – počínaje chováním biologického činitele, studium jednotkových operací uplatňujících se v moderních biotechnologiích, včetně down-stream processingu, bioinženýrských aspektů a modelování a simulace bioprocesů až po aplikace biotechnologických procesů v potravinářském, farmaceutickém, biotechnologickém či chemickém průmyslu nebo při ochraně životního prostředí.
